Transporto priemonės turi susidoroti su daugybe problemų. Ta pati transporto priemonė gali būti naudojama įvairiems kroviniams, todėl tarp skirtingų pervežimų kyla problemų dėl kryžminio užteršimo kvapais ir mikroorganizmais. Išlaikyti švarią, be kvapo ir infekcijų kontroliuojamą aplinką yra nuolatinis iššūkis.